Tähtilaivaston tutkimusalus U.S.S. Márquez on suorittamassa rutiinitutkimusta Alfa-kvadrantin laitamilla, kun alukseen iskeytyy voimakas aliavaruuspurkaus, joka horjuttaa aluksen kriittisiä järjestelmiä. Onko kyseessä hyökkäys, luonnollinen ilmiö, jonka alkuperä tulisi selvittää, vai jotain paljon mystisempää?
Pelaajat pelaavat Tähtilaivaston upseereita Star Trekin utopistisessa tulevaisuudessa, jossa ihmiskunta on jättänyt sodat ja loputtoman varallisuuden kerryttämisen taakseen ja keskittyy sen sijaan itsensä ja tieteen kehittämiseen. Pelin maailmankuva on optimistinen, eikä ongelmia ratkaista taistelemalla, vaan diplomatialla ja uteliaalla tutkimuksella.